アップストリーム/マスターのプッシュ、プル、チェックアウトはまったく問題ありませんが、警告が表示されます。Upstream/master は、(github の指示に従って) フォークした元のソース コードに加えられた変更を追跡するためのものです。
例えば
$ git checkout upstream/master
warning: refname upstream/master is ambiguous
$ git branch -a
* master
upstream/master
remotes/origin/HEAD -> origin/master
remotes/origin/master
remotes/upstream/master
このコマンドには、あいまいなエラーもあります。
$ git branch
* master
upstream/master
$ git checkout upstream/master filename.bar