rsync をブロックしている何かがある可能性があります。私の場合、NOD32 アンチウィルスです。これは、次のように「gdb」で rsync を実行することで確認できます。
$ gdb --args /usr/bin/rsync -a somedir/ anotherdir
GNU gdb 6.8.0.20080328-cvs (cygwin-special)
.....
(no debugging symbols found)
(gdb) run
gdb が開始された後の「実行」コマンドに注意してください。次のような出力が表示されます。
Starting program: /usr/bin/rsync -a somedir/ anotherdir
.....
(no debugging symbols found)
warning: NOD32 protected [MSAFD Tcpip [TCP/IP]]
warning: NOD32 protected [MSAFD Tcpip [UDP/IP]]
warning: NOD32 protected [MSAFD Tcpip [RAW/IP]]
warning: NOD32 protected [RSVP UDP Service Provider]
warning: NOD32 protected [RSVP TCP Service Provider]
(no debugging symbols found)
(no debugging symbols found)
---Type <return> to continue, or q <return> to quit---
(no debugging symbols found)
[New thread 1508.0x720]
[New thread 1508.0xeb0]
[New thread 1508.0x54c]
rsync: Failed to dup/close: Socket operation on non-socket
(108)
rsync error: error in IPC code (code 14) at
/home/lapo/packaging/rsync-3.0.4-1/src/rsync-3.0.4/pipe.c(147)
[receiver=3.0.4]
そのため、ウイルス スキャナー (NOD32) の除外リストに rsync を追加する必要があります。
c:\cygwin\bin\rsync.exe