r - Rで相関行列を作成するにはどうすればよいですか?

Question

同じタイプの92セットのデータがあります。

任意の 2 つの組み合わせの相関行列を作成したいと考えています。

つまり、 の行列が必要です92x92。

要素 ( ci、cj) が と の間の相関関係になるようにciしcjます。

それ、どうやったら出来るの？

Answer 1

例、

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

Answer 2

「corrplot」パッケージを使用できます。

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

詳細はこちら: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

Answer 3

cor関数は、相関の計算に行列の列を使用します。したがって、行数は行列xと行列yの間で同じでなければなりません。元。：

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

編集：

単一の行列で計算された相関行列のカスタムの行と列のラベルの例を次に示します。

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

Answer 4

ここでこれを達成する他の方法があります: (相関行列をグラフにプロット)、ボックス内の相関を使用したバージョンが気に入っています。これらのインデックス番号だけでなく、x 列と y 列に変数名を追加する方法はありますか? 私にとって、それはこれを完璧な解決策にします。ありがとう！

編集: [Marc in the box] の投稿にコメントしようとしましたが、自分が何をしているのかはっきりとわかりません。しかし、私は自分自身でこの質問に答えることができました。

d が行列 (または元のデータ フレーム) で、列名が必要な場合、次のように動作します。

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

las=0 は名前を通常の位置に戻します。私の名前は長いので、las=2 を使用して軸に対して垂直にしました。

edit2: image() 関数がグリッドに数値を表示しないようにするには (そうしないと、変数ラベルが重なってしまいます)、xaxt='n' を追加します。例:

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')