iPhone 4Sで記録された.movファイルを変換すると、ビデオが180度回転します。コンピューターでビデオを再生すると、正しく表示されます。
Androidの.3gpファイルとiPhone4の.movで同じ問題が発生しました（90度回転しています）
FFMPEGのドキュメントを調べてみましたが、メタデータをスキャンしてから変換スクリプトに追加する必要があるようです。
試行されたコマンド：ffmpeg -i VID_20120510_104204.mov -y -f flv -ar 44100 VID_20120510_104204.flv -vf％ROTATE％も確認