そのため、XCode 4.3 で新しい ViewController を作成するには、[New] > [Objective-C Class] を実行してから、UIViewController をサブクラス化する必要があることがわかりました。しかし、なぜ xib チェックボックスがグレー表示されているのでしょうか? xib を使用して新しいビュー コントローラーを作成するにはどうすればよいですか?

OS X Objective-C クラスを iOS プロジェクトに追加しようとしているようです

これを生成する..

代わりに、このように新しいファイルを追加します..

これを生成する..

xib ボックスがグレー表示されている理由はわかりませんが (私には起こりません)、いつでも新しいファイルに移動して、そこから nib を作成し、そのクラスをUIViewControllerインターフェイス ビルダーのサブクラスに設定できます。
これはバグです。コンボのサブクラスでUIViewController をもう一度選択すると、再び有効になります。
一度作成をキャンセルして、もう一度ダイアログを開いたときに起こりました。