いくつかの精巧な解決策を考えることができますが、javascript はプレゼンテーション レベルであり、オートロード、モデル、コントローラーなどに含めるべきではないと本当に思います。
<head>
基本的な HTML 要件で、ある種のマスター ビュー ファイルを使用することができます。
<!doctype html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title><?php echo $title; ?></title>
<script src="/path/to/jquery.js"></script> <!-- jQuery on every page -->
<!-- alternatively, loop through files in a custom config setting -->
<?php foreach (config_item('default_js') as $src): ?>
<script src="<?php echo $src; ?>"></script
<?php endforeach; ?>
<!-- ... and/or loop through files set in a controller -->
<?php foreach ($js_files as $src): ?>
<script src="<?php echo $src; ?>"></script
<?php endforeach; ?>
</head>
<body>
<header />
<?php echo $content; ?>
<footer />
</body>
</html>
次に、次のようにビューをロードします。
$data['js_files'] = array('draggable.js', 'widgets.js');
$content = $this->load->view('index', $data, TRUE);
$this->load->view('master', array('title' => 'Home', 'content' => $content));
もちろん、これは何百万もの解決策のうちの 1 つにすぎませんが、Codeigniter が CSS と Javascript を「自動ロード」するという考えは意味がありません。何らかの方法で自分で「ロード」する必要があります。その方法は完全にあなた次第です。