以下に示すように、300GBのファイルからいくつかの行が必要です。以下に示す行から、必要なのは。で始まる行だけ>miR
です。
希望する出力を実際に出力するPerlプログラムを作成しましたが、同じコードを300 GBまでの大きなファイル(以下に示す同様の行)に適用する場合、これをどのように処理しますか?コードが実行されると強制終了されるため、このコードに実装できる代替手段はありますか?
#!/usr/bin/perl -w
$len=@ARGV;
if($len eq 0){
print "Give file \n";
exit;
}
$file=$ARGV[0];
open(FH,$file) || die "cant open file\n";
@lines=<FH>;
close FH;
while ($line=<FH>){
chomp $line;
if ($line =~ /^>miR/){
$_=$line;
s/>//g && s/,//g;
print "$_\n";
if($_=~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/){
print $1,"\t",$2,"\t",$7,"\t",$3,"\n";
}
。
Forward: Score: 124.000000 Q:2 to 18 R:1 to 20 Align Len (17) (64.71%) (82.35%)
Query: 3' gaauAUUCGUUAG-AAUGGUAa 5'
|:: :|||| || ||||
Ref: 5' --ctTGGTTAATCATTCCCATt 3'
Energy: -10.480000 kCal/Mol
Scores for this hit:
>miR844a AT2G33810, 124.00 -10.48 2 18 1 20 17 64.71% 82.35%
Forward: Score: 120.000000 Q:2 to 19 R:289 to 308 Align Len (17) (64.71%) (76.47%)
Query: 3' gaaUAUUCGUUAGAAUGGUAa 5'
||::| || || ||||
Ref: 5' ttgATGGG-AAAATTTCCATt 3'
Energy: -9.850000 kCal/Mol
Scores for this hit:
>miR844a AT2G33810, 120.00 -9.85 2 19 289 308 17 64.71% 76.47%
Forward: Score: 118.000000 Q:2 to 19 R:483 to 503 Align Len (17) (64.71%) (82.35%)
Query: 3' gaaUAUUCGUUAGAAUGGUAa 5'
:||: |||| ||:|||
Ref: 5' gggGTAGAAAATCATATCATa 3'