Backbone.Model を拡張するベースモデルがあり、それをすべてのモデル内で使用しています。各モジュール内で define(['underscore','backbone','basemodel'],function(...)) を実行できるように、require.config.paths に含めたいと思います。ただし、require はそれをロードできません。
すべてのパスを確認しましたが、定義関数内でファイルへの直接パスを指定すると機能します... models/mixins/basemodel
パス内にモジュールを含めることはできませんか?