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opencv プロジェクトのコンパイルでは、すべてのインターフェイスを非表示にする必要があるため、opencv の Makefile を生成するときに構成するコンパイル オプション「-fvisibility=hidden」を追加する必要があります。
問題は、configure にコンパイル オプションを追加する方法です。
CFLAG を設定してみましたか。たとえば:
CFLAGS="-fvisibility=hidden" ./configure