次のリンクで明確に述べられているように、Java EE 仕様では EJB からのファイルの読み取りが許可されていないようです。
http://java.sun.com/blueprints/qanda/ejb_tier/restrictions.html#file_access
それは言います:
エンタープライズ Bean は、主にファイルがトランザクション リソースではないため、ファイルへのアクセスを許可されていません。EJB がファイル システム内のファイルまたはディレクトリにアクセスしたり、ファイル記述子を使用したりできるようにすると、コンポーネントの配布可能性が損なわれ、セキュリティ上の危険が生じます。
では、アプリケーション サーバーのファイルから読み取るにはどうすればよいでしょうか。