このリンクに記載されているように、EJB からファイルを読み取ることは禁止されているようです。
http://java.sun.com/blueprints/qanda/ejb_tier/restrictions.html#file_access
エンタープライズ Bean は、主にファイルがトランザクション リソースではないため、ファイルへのアクセスを許可されていません。EJB がファイル システム内のファイルまたはディレクトリにアクセスしたり、ファイル記述子を使用したりできるようにすると、コンポーネントの配布可能性が損なわれ、セキュリティ上の危険が生じます。
「コンポーネントの分散性を損なう」とは何ですか???