私が遭遇している問題は、まさにこの質問のタイトルが言っていることです。私のページの条件付きコメントは、拡張子が html の場合にのみ機能します。
これを xhtml ファイルとして保存すると、条件付きコメントが機能せず、ブラウザーに関係なくページに「インターネット エクスプローラーではありません」と表示されます。ただし、ファイルの名前を html に変更すると、すべてが正常に機能します。ページが xhtml ファイルである必要がある場合を除いて、これは問題になりません。
問題を再現する最小限のコードを次に示します。
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge" />
<title>Title</title>
</head>
<body>
<!--[if IE]>Internet explorer<![endif]-->
<!--[if !IE]>-->Not internet explorer<!--<![endif]-->
</body>
</html>
Google とこのサイトで数時間テストして検索して見つけた唯一のものは、残念ながら何もしなかった 2 行目です。