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マイクロアレイデータの視覚化のためのプロットを作成するために、Biobase のパッケージ: arrayQualityMetrics を使用しています。

私のデータは ExpressionSet に保存されます。phenoData(ExpressionSet) の列名の 1 つに「Tissue」という名前が付いていますが、次のコマンドを実行すると:

arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup = "Tissue")

次のようなエラーが表示されます。

Error in prepdata(expressionset, intgroup = intgroup, do.logtransform = do.logtransform) : 
  all elements of 'intgroup' should match column names of 'pData(expressionset)'.

ExpressionSet の phenoData に列名「Tissue」が含まれているのに、なぜこのエラーが発生するのかわかりません。

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この質問をしてからしばらく経ちましたが、これはおそらく arrayQualityMetrics() が pData() スロットのデータ フレームを制限された数のフィールドにトリミングして、レポートの冒頭にあるメタデータ テーブルに表示する必要があるためです。

次のようなものを試してください：

tmp <- pData(ExpressionSet)
pData(ExpressionSet) <- tmp[,c("Tissue", "SomeOtherInterestingField")] # swap out
arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup="Tissue")
pData(ExpressionSet) <- tmp # replace with your original full pData() data frame
于 2012-08-16T23:40:44.493 に答える