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12 個のバイナリ ファイルのオブジェクトを作成しました。実行したい分析の一環として、関数を使用して分析を行い、12 のうちの 1 つを他の 11 と比較します。

すなわち

ループ 1 で、object$1 が object$1 2:12 と比較され、

ループ 2、object$2 に対して object$ 1,3:12

...

ループ 12、object$12 に対して object$1[1:11]

ファイル名を指定することで、手動で小規模に行うことができます。しかし、12 個すべてを相互に比較する必要があり、12 個のファイル (合計 250 個のファイル) のグループが多数あるため、問題なく動作するため、これを自動化するにはどうすればよいでしょうか?

最終的な出力はデータ フレームなので、各ループでも作成したいと思います (object$1.csv などの関連ファイル名を使用)。

firstbatch <-bams[1:12] #bams is character vector of the files
bedfile <- "filename.bed"
my.counts <- getBamCounts(bed.file = bedfile, bam.files = firstbatch) #creates object
my.test <- firstbatch$1
my.ref.samples <- firstbatch$2...firstbatch$12
series of functions comparing $1 against 2:12
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多分あなたはこの手順を冷静に使用します:

a <- combn(12,2)   # will give you all possible combinations 

for (i in 1:dim(a)[2]) {      #loops over all possible combinations

firstbatch[ a [1,i]]    # first sample name to compare
firstbatch[ a [2,i]]    # second sample name to compare against
...
}
于 2012-05-25T12:34:51.103 に答える