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あなたの助けが必要です。私はfastaファイル形式で40000以上のタンパク質を持っています。

まず、関数を書きたいと思います。

  • これは、bイオンとyイオンの質量を計算することができます
  • ターゲットタンパク質からペプチドデータベースを作成します（mat-file）
  • おとりタンパク質からのペプチドデータベースを作成します（mat-file）

次に、私はしたい：

  • 観測データをロードする
  • 特定のppm精度を指定して、候補ペプチドのペプチドデータベースをフィルタリングします
  • 観察されたデータに対して候補ペプチドをスコアリングする関数を記述します
  • 偽物からボナフィドペプチドスペクトルの一致を識別するためのしきい値処理スキームを考え出す
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MATLAB の Bioinformatics Toolbox には、これを実現するために組み合わせることができるビルディング ブロック ルーチンが含まれています。それらをまとめる際に特定の問題がある場合は、特定の質問を投稿してください。

于 2012-05-26T21:42:26.620 に答える
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まず、FASTA はテキスト ファイル形式です。fopenテキスト ファイルを書き込むには、 、fprintfおよびの MATLAB ドキュメントを確認してくださいfclose。fopen作成したデータ ファイルからテキストをロードするには、 、 、fscanfおよびを使用できますfclose。実際、MATLAB にはfastainfo、fastareadおよびfastawriteもあります。これらのコマンド、および他の FASTA 関連およびタンパク質分析関連のコマンドの MATLAB ドキュメントを確認してください (私はタンパク質分析を行っていないため、どれが必要かはわかりません)。

さらに、私見の質問は「プログラム全体をどのように書くのですか？」しかし、私がリストしたコマンドから始めることができると思います。いくつかのコードを記述し、自分で解決しようとした明確に定義された問題がある場合は、関連する質問を付けて、それに関する新しい質問を投稿できます。コードの一部。

于 2012-05-26T16:54:05.947 に答える