以下のコードは、バイナリ ファイルを float32 から 16b にスケール ファクター 10 で変換するものです。%d の無効化のエラーが発生します。
setwd("C:\\2001")
for (b in paste("data", 1:365, ".flt", sep="")) {
   conne <- file(b, "rb")
   file1<- readBin(conne, double(), size=4,  n=360*720, signed=TRUE)
   file1[file1 != -9999] <- file1[file1 != -9999]*10
   close(conne)
   fileName <- sprintf("C:\\New folder (11)\\NewFile%d.bin", b)
   writeBin(as.integer(file1), fileName, size = 2) 
}
結果:
Error in sprintf("C:\\New folder (11)\\NewFile%d.bin",  : 
invalid format '%d'; use format %s for character objects
Rの提案どおりに使用  %sしましたが、1:365のファイルは完全に空でした