Excelアドインを書くときに同様の問題を解決しました。dll のインポートは必要ありません。System.Windows.Forms.NativeWindow クラスを使用してこの問題を解決しました。
最初に、NativeWindow クラスから継承した独自のクラスを作成し、その中で Activated と Deactivate の 2 つのイベントを宣言し、最後に WndProc() メソッドをオーバーライドして、メッセージ WM_ACTIVATE が WndProc メソッドに渡されたときにこれらのイベントが発生するようにしました。"Message" パラメータに従って、WParm は Excel ウィンドウがアクティブ化または非アクティブ化されます。
 public class ExcelWindow: NativeWindow
{
    public const int WM_ACTIVATED = 0x0006;
    public ExcelWindow():base(){}
    //events
    public event EventHandler Activated;
    public event EventHandler Deactivate;
    //catching windows messages
    protected override void WndProc(ref Message m)
    {
        if (m.Msg== WM_ACTIVATED)
        {
            if (m.WParam.ToInt32() == 1)
            {
                //raise activated event
                if (Activated!=null)
                {
                     Activated(this, new EventArgs());
                }
            }
            else if (m.WParam.ToInt32() == 0)
            {
                //raise deactivated event
                if (Deactivate!=null)
                {
                     Deactivate(this, new EventArgs());
                }
            }
        }
        base.WndProc(ref m);
    }
}
次に、アドイン クラス フィールド「ExcelWindow myExcelWindow」を作成し、アドインの OnConnection メソッドに次のコードを追加しました。
ExcelWindow myExcelWindow;
void Extensibility.IDTExtensibility2.OnConnection(object application, Extensibility.ext_ConnectMode ConnectMode, object AddInInst, ref Array custom)
{
    excel = application as Excel.Application;
    myExcelWindow = new ExcelWindow();
    myExcelWindow.AssignHandle(new IntPtr(excel.Hwnd));
    myExcelWindow.Activated += new EventHandler(myExcelWindow_Activated);
    myExcelWindow.Deactivate += new EventHandler(myExcelWindow_Deactivate);
    //addin code here
}
void myExcelWindow_Activated(object sender, EventArgs e)
{
    //do some stuff here
}
void myExcelWindow_Deactivate(object sender, EventArgs e)
{
    //do some stuff here
}
これがお役に立てば幸いです。