この奇妙な動作は、IE 9、OS X Lion の Chrome 19、OS Lion の Safari 5.1.5 (ただし、FF 12 OS X Lion では見られません) で見られます。
ページに iframe をロードするたびに、元に戻すスタックがリセットされます。テキストエリアに何かを入力して JSFiddle の例を試し、ボタンを押して iframe をロードし、テキストエリアで元に戻してみてください。iframe の読み込み後は元に戻すことができません。
独自の取り消しスタックを実装する以外に、これを回避する方法はありますか?