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これらのノードを表示するときにノードの形状をカスタマイズするため、大きなノードの一部が小さなノードを隠してしまいます。また、静的な位置を使用する必要がありました。つまり、レイアウトを変更することはできません。それで、優先順位のようなものを置いて、あるノードを他のノードの上に置こうとした人がいるのだろうか。
最初に大きなノードをグラフに追加し、次に小さなノードを追加しようとしました。または逆順。これでは問題が解決しないようです。インターネットで検索しても、まだ解決策が見つかりません。
ノードを特定の順序でレンダリングする場合は、指定した順序でノードを反復処理する Graph の実装 (つまり、Sorted または Ordered 実装) を使用する必要があります。
ただし、操作している制約 (頂点のサイズや位置を制御できない) により、ビジュアライゼーションが壊れているように聞こえます。