0 
$lines = file("res_example.txt");

$resArr = array();
foreach ($lines as $line_num => $line) {
  $columns = explode("\t", $line);
  $raws = $columns['1'];
  $hits = $columns['2'];
  $names = $columns['0'];
  $models = $columns['3'];
  $colors = $columns['4'];
  $allModels[$models] = 1;
  $resArr[] = array(
    name => $names,
    score => $raws,
    hit => $hits,
    model => $models,
    color => $colors
  );
}


$seqArr = array('A', 'T', 'C', 'G');
$randseq = array();

for ($i = 0; $i < 1000; $i++) {
  $randseq[] = $seqArr[array_rand($seqArr)];
}

$res = "";

echo "<div id=\"coltext\" style=\"font-family:monospace;\">";

foreach ($allModels as $modName => $value) {

  echo "<input ModelName=$modName type=\"checkbox\"
  checked==\"TRUE\" onclick=\"toggle.apply(this)\" />$modName";

}

echo "<hr />";
$score = rawtransform($raw);
foreach ($randseq as $index => $nuc) {
  $index = $index + 1;
  foreach ($resArr as $hitArr) {
    $hit = $hitArr['hit'];
    $raw = $hitArr['score'];
    $model = $hitArr['model'];
    $colval = $hitArr['color'];
    $score = rawtransform($raw);

    $color = getcolor($score, $colval);

    if (($hit+3) == $index) { 
      echo "</span>";
    }
    if ($hit == $index) { 
      echo "<span class=$model Title=\"position:$index,score:$raw\"
      style=\"background:$color;\" color=\"$color\">";
      //problem when theres overlap !? 
    }

  }

  echo $nuc;

  if (($index%50)==0){
    echo"<br />";
  }
}

echo "</div>";

function rawtransform($raw) {
  return (int)($raw/50)-9;
}

function getcolor($score,$ArrayModelval)
{
switch ($score){
// working.  test each color. 
case 1: /*500-550(Raw Score)*/
        $col=$ArrayModelval;
            return"hsl( $col,100%,90%)";
    break;
case 2: //550-600
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,85%)";
    break;
case 3: //600-650
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,85%)";
    break;
case 4: //650-700
        $col=$ArrayModelval;
            return"hsl( $col,100%,80%)";
    break;
case 5: //700-750
        $col=$ArrayModelval;
            return"hsl( $col,100%,70%)";
    break;
case 6: //750-800
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,60%)";
    break;
case 7: //800-850
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,50%)";
    break;
case 8: //850-900;
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,50%)";
    break;
case 9: //900-950
        $col=$ArrayModelval;
            return "hsl( $col,100%,40%)";
    break;
case 10: //950-1000
        $col=$ArrayModelval;
    return "hsl($col,100%,40%)";
    break;

   }
}

$hitほとんどの場合、私が望むことを行います。外部ファイルで定義された - があるランダムシーケンスの部分に色を付けたいです。私の唯一の問題は、オーバーラップがある場合です。つまり、2 つのヒットが互いに 3 塩基以内にある場合、スパンは引き伸ばされ、1 つのスパンのように色付けされます。

外部ファイルには、外部ファイルで指定されたスコアに応じて色が変化するスパンを開始する位置があります。基本的に、3 つの結果があり、そのうちの 2 つはほぼ同じヒット (+-1) で、もう 1 つは異なるヒットである場合、色付きの 2 つのセクションしか表示されません。申し訳ありませんが、私はおそらくこれを恐ろしく言いましたが、説明するのは難しいです. ありがとう。

>chr1:2198584545754_genome_1000+    500 1000    Model1  0
>chr2:2198581212154_genome_1000+    510 992     Model2  180
>chr3:2115151215754_genome_1000+    520 990     Model3  330  
>chr4:2198584545754_genome_1000+    530 980     Model3  330 
>chr5:1218455145754_genome_1000+    540 970     Model2  180
>chr6:1231354645454_genome_1000+    550 960     Model1  0
>chr7:1231213211134_genome_1000+    600 950     Model3  330
>chr7:1231213211134_genome_1000+    650 940     Model3  330

JavaScript:

function toggle() {
var div= document.getElementById('coltext');
var modName=this.getAttribute('ModelName');
var spans=div.getElementsByTagName('span');
var spans_l=spans.length;
while (spans_l--){
    span=spans[spans_l];
    if(span.getAttribute('class')==modName && this.checked==true){
        var color= span.getAttribute('color');

        span.style.background=color;
    }
    if(span.getAttribute('class')==modName && this.checked==false){
        span.style.background="white";
    }
}

}
4

1 に答える 1

1

サイズについてはこれを試してください。これは、FIFOスタック$currentHitsを使用してヒット境界を処理することによって機能します。また、色の生成を処理するためのヘルパー関数をいくつか追加しましgetcolor()た。CSS文字列の代わりに配列を返すように関数を変更すると、そのうちの1つが削除され、効率が向上します。

getcolor()または関数のソースコードがないため、これをテストできませんでした。rawtransform()これらを質問に追加すると、さらに改善できると確信しており、コードを適切にテストできます。Model1また、 CSSModel2などのクラスがどのように見えるかを確認するとよいでしょう。

編集： getcolor()/rawtransform() 関数が含まれ、（少なくとも部分的に）テストされました

<?php

  function rawtransform ($raw) {
    return (int) ($raw / 50) - 9;
  }
  function getcolor ($score, $h) {
    switch ($score) {
      // working.  test each color. 
      case 1: /*500-550(Raw Score)*/
        $l = 90;
        break;
      case 2: case 3: //550-650
        $l = 85;
        break;
      case 4: //650-700
        $l = 80;
        break;
      case 5: //700-750
        $l = 70;
        break;
      case 6: //750-800
        $l = 60;
        break;
      case 7: case 8: //800-900;
        $l = 50;
        break;
      case 9: case 10: default: //900-1000 / out of range
        $l = 40;
        break;
    }
    return array(
      'h' => $h,
      's' => 100,
      'l' => $l
    );
  }

  function hsl_average_color () {
    // Takes an unlimited number of arguments, calculates the average HSL value and returns a CSS string
    $args = func_get_args();
    $h = $s = $l = array();
    foreach ($args as $arg) {
      $h[] = $arg['h'];
      $s[] = $arg['s'];
      $l[] = $arg['l'];
    }
    return sprintf('hsl(%d, %d%%, %d%%)', (int) round(array_sum($h) / count($h)), (int) round(array_sum($s) / count($s)), round(array_sum($l) / count($l)));
  }

  $fileName = 'res_example.txt';

  // Open the file
  if (!$fp = fopen($fileName, 'r')) {
    // Handle file read errors here
    die("Unable to open file $fileName");
  }

  // Loop the file data and build an associative array
  $resArr = array();
  while (($line = fgetcsv($fp, 0, "\t")) !== FALSE) {

    // You didn't declare $allModels as an empty array before the loop
    // Should you have?
    $allModels[$line[3]] = 1;

    // Note that I have dropped the hit key and instead keyed the outer
    // array by this value. I have added an end key to track the end of
    // a hit
    $resArr[$line[2]] = array(
      'name' => $line[0],
      'score' => $line[1],
      'end' => $line[2] + 4,
      'model' => $line[3],
      'color' => getcolor(rawtransform($line[1]), $line[4])
    );

  }

  // Close the file
  fclose($fp);

  // Generate a random sequence
  $seqArr = array('A', 'T', 'C', 'G');
  $randseq = array();
  for ($i = 0; $i < 1000; $i++) {
    $randseq[] = $seqArr[array_rand($seqArr)];
  }

  // $res appears to do nothing in you code
  // $res = "";

  // Open the <div>
  echo '<div id="coltext" style="font-family:monospace;background-color:#000000;color:#FFFFFF;">'."\n";

  // Iterate over $allModels and echo checkboxes
  foreach ($allModels as $modName => $value) {

    // ModelName is a non-standard HTML attribute, are you sure you meant to do this?
    echo '<input ModelName="'.$modName.'" type="checkbox" checked="checked" onclick="toggle.apply(this);" />'.$modName."\n";

  }

  echo "<hr />\n";

  // This line does nothing useful here
  // $score = rawtransform($raw);

  // An array to track the current hits
  $currentHits = array();

  foreach ($randseq as $index => $nuc) {

    // Increment $index
    $index++;

    // Track whether we are in a hit/reached a boundary
    $boundary = FALSE;
    $inHit = (bool) count($currentHits);

    // Check whether we are at the end of the lowest hit in the stack
    if ($inHit && $index == $currentHits[0]['end']) {
      $boundary = TRUE;
      array_shift($currentHits);    
    }

    // Check whether we are at the start of a new hit
    if (isset($resArr[$index])) {
      $boundary = TRUE;
      $currentHits[] = $resArr[$index];    
    }

    // If we reached a boundary
    if ($boundary) {

      // Close a hit    
      if ($inHit) {
        echo "</span>";
      }

      // Open a hit
      if (count($currentHits)) {

        // Get the current color value
        $colors = array();
        foreach ($currentHits as $hit) $colors[] = $hit['color'];
        $color = call_user_func_array('hsl_average_color', $colors);

        // Start a new span
        echo '<span class="'.$currentHits[0]['model'].'" title="position:'.$index.',score:'.$currentHits[0]['score'].'" style="color: '.$color.';">';

      }

    }

    // Print the character
    echo $nuc;

    // Split into 50 character chunks        
    if (!($index % 50)){
      echo"<br />\n";
    }

  }

  // Close the last span if one is still open
  if (count($currentHits)) {
    echo "</span>";
  }

  // Close the <div>        
  echo "</div>\n";
于 2012-05-31T09:32:23.563 に答える