datepicker の終了日が開始日と同じ日付の場合、total_days は値「0」を返します。2 つの日付が同じ場合、コードに「+1」を配置して、「total_days」のこの値を「1」にできるでしょうか?
var calcDate = function() {
var start = $('#conference_date_in').datepicker('getDate');
var end = $('#conference_date_out').datepicker('getDate');
var days = (end - start) / 1000 / 60 / 60 / 24;
if( days >= 0 ) {
document.getElementById('total_days').value = days;
}
}
$('#conference_date_out').change(calcDate);
$('#conference_date_in').change(calcDate);