Rのheatmap関数は、人間が行列の要素の相対値を解釈するのに役立つはずです。ただし、特定のプロット内で一貫してセルに色を付けるとは限らないようです。これは、相対値を正しく解釈する上で深刻な障害となります。
たとえば、通常の確率変量の列を連結してデータを生成してみましょう。
foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10)))
ここで、foo の列を相関させると、任意の列とそれ自体の相関が 1 であるため、対角エントリで 1 が得られることを確認できます。
cor.matrix <- cor(foo)
しかし、プロットすると:
heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA)
(ここではデンドログラムの並べ替えを抑制していますが、それは問題ではないようです)
ご覧のとおり、対角セルは均一に色付けされていません。
ここで何が起こっているのか誰か説明できますか?