その質問に対する遅い回答ですが、ASP.NET MVC はファイルをアルファベット順に並べ替えます。また、IBundleOrdererインターフェイスを使用して、スクリプト ファイルを手動で注文することもできます。
たとえば、次のようなカスタム IBundleOrderer 実装を使用します。
Bundle myBundle = new Bundle("~/bundles/SiteScripts", new JsMinify());
myBundle.IncludeDirectory("~/Scripts/SiteScripts", "*.js");
myBundle.Orderer = new MyBundleOrderer();
bundles.Add(myBundle);
MyBundleOrderer は、web.config ファイルから優先度の高いスクリプトを取得します。
public class MyBundleOrderer : IBundleOrderer
{
    public IEnumerable<System.IO.FileInfo> OrderFiles(BundleContext context, IEnumerable<FileInfo> files)
    {
        if (ConfigurationManager.AppSettings["HighPriorityScripts"] != null)
        {
            string[] highPriorityScripts = ConfigurationManager.AppSettings["HighPriorityScripts"].Split(',');
            List<FileInfo> listFiles = new List<FileInfo>(files);
            List<FileInfo> orderedFiles = new List<FileInfo>();
            // Add high priority files in order : 
            foreach (string highPriorityFile in highPriorityScripts)
            {
                FileInfo nextFileInfo = listFiles.Find(delegate(FileInfo arg) 
                                {
                                    return arg.Name == highPriorityFile;
                                }
                              );
                if (nextFileInfo != null)
                {
                    orderedFiles.Add(nextFileInfo);
                }
            }
            // Add remaining files to bundle : 
            foreach (FileInfo lowPriorityFile in listFiles)
            {
                if (!orderedFiles.Contains(lowPriorityFile))
                {
                    orderedFiles.Add(lowPriorityFile);
                }
            }
            return orderedFiles;
        }
        return files;
    }
}