自分のAndroid携帯でクロスコンパイルしたACプログラムをroot化せずに実行できますか？Googleが提供するAPI、つまりJavaしか使えないと思いました。
user1203673の回答に加えて、ここからNDKをダウンロードできます。サンプルコードが付属しています。
NDKの使用にはrootアクセスは必要ありません。また、Googleでは推奨されていませんが、Javaなしで完全に使用できます。
android ndk uを使用すると、.soファイルを生成でき、Cプログラムで説明されているメソッドを利用できます。