私は NSIS インストール クリエーターを初めて使用し、外部実行可能ファイルを実行する必要があります。これは前提条件であり、完了したらセットアップを続行するためです。以下のコードを試しましたが、exeをインストールパスにコピーするだけです。
Section "example" example
SetOutPath "$INSTDIR"
MessageBox MB_OK \
"The applications."
File "Prerequisites\setup.exe"
ExecWait '"exec" /i "$INSTDIR\setup.exe" /passive'
SetRebootFlag true
SectionEnd