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初めてRパッケージを作成していますが、問題が発生しています。R CMDチェックを実行していますが、次のエラーが発生します。

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

何が原因なのかわかりません。コードに「subject」変数すらありません。コードはかなり長いので、誰かがコメントで尋ねない限り、私はむしろすべてを貼り付けません。私が探すべき特定の何かがありますか？私が考えることができる唯一のことは、私がこのような行を持っているということです：

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

ただし、サブジェクトはpairwiseAlignmentBiostringsパッケージの関数によって定義されます。ご協力ありがとうございました！

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subjectRは、使用可能と呼ばれる関数なしで使用されている関数を見つけましたsubject。これについて考えられる理由の1つは、R-develに関するこの説明で説明されています。その場合、コードは条件付きで使用されます。たとえば、特定のパッケージがインストールされている場合は、その機能を使用します。このパッケージがインストールされていないシステムでパッケージをチェックすると、このような警告が表示されます。そのため、これが当てはまるかどうかを確認してください。または、関数が存在しないときにサブジェクトを呼び出して間違いを犯した可能性があります。たとえばsubject、関数ではなく単なるオブジェクトでした。

于 2012-06-07T09:10:47.387 に答える