問題を解決しました。それぞれがサブクラスターの階層を含み、長方形として描かれている 2 つの独立したクラスターがあります。2 つのクラスターをグラフに追加すると、左から右に表示されますが、一方を他方の上に重ねたいと思います。各クラスターにノードを追加すると、それらを垂直方向に取得できます。スタイル修飾子で非表示にできますが、ノードをラベルとして使用しました。2 つのノード間にエッジを追加することにより、2 つのクラスターは、エッジの長さを最小限に抑えるために最も適切な方法で方向付けられ、垂直方向に再配置されます。
以下の例では、ノードを cluster1 に追加し、もう 1 つのノードを cluster2 に追加することができるため、必要ではないかもしれない 2 つの囲みブロックをさらに作成しますが、囲みブロックがダイアグラムをよりきれいにすることがわかりました。
たとえば、
#Assume cluster1 and cluser2 exist
#Create enclosing cluster box
enclosingBlock1=pydot.Cluster('eb1', label='label1',shape='rectangle')
enclosingBlock1.add_subgraph(cluster1)
# Add node to enclosing cluster
node1=pydot.Node('D1',label='Diagram1')
enclosingBlock1.add_node(node1)
#Create second enclosing block
enclosingBlock2=pydot.Cluster('eb2', label='label2',shape='rectangle')
enclosingBlock2.add_subgraph(cluster2)
# Add the node and create the joining edge
node2=pydot.Node('D2',label='Diagram2')
enclosingBlock2.add_node(node2)
edge = pydot.Edge(node1,node2)
graph.add_subgraph(enclosingBlock1)
graph.add_subgraph(enclosingBlock2)
graph.add_edge(edge)
graph.write('xmlSQL.png',prog = 'dot',format = 'png')