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簡単なインストールの質問ですぐに戻ってきて申し訳ありませんが、自分で解決できないため、生産性が大幅に低下しています。とにかく、BC Web サイトで提案されているように、GenomicFeatures をインストールしてみました。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

次のエラー メッセージを受け取りました (いくつかの警告メッセージに加えて)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

したがって、依存関係に問題があると思いますが、GFの前に自動的にインストールされるのは奇妙に思えます。バージョン 2.15.0 を使用しています。問題が何であるかについての手がかりはありますか？必要に応じてさらに情報を提供できれば幸いです。ありがとう。

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マーティン・モーガンは、コメントでうまくいくと私が信じる解決策を持っています。それについて少し詳しく説明します。

エラーメッセージは、RCurlおよびXMLパッケージをインストールする必要があることを示しています。これらのパッケージは両方とも、システムに特定の開発パッケージが含まれている必要があります。Linuxを実行しているようです。Debianベースのシステム（Debian、Ubuntu、Mintなど）を使用している場合は、RCurlをインストールするためにインストールする必要がlibcurl4-openssl-devあり、XMLをインストールするためにインストールする必要がありますlibxml2-dev。これは、コマンドラインで次のように入力することで比較的簡単に実行できます。

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

これで、必要なパッケージと依存関係がインストールされます。次に、R内からRCurlおよびXMLパッケージをインストールできるようになります。

install.packages("RCurl")
install.packages("XML")

この時点で、必要な依存関係があり、BioconductorからGenomicFeaturesをインストールできるはずです。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

Windowsを使用している人へのメモ-RCurlとXMLの取得は必ずしも簡単ではありませんが、Brian Ripley博士は、彼のWebサイトでこれらのパッケージのバイナリを提供しており、そこから非常に簡単にダウンロードできます。最初にRCurlとXMLに問題があるのを見たとき、実際のエラーを見てLinuxユーザーであることに気付くまでは、Windowsユーザーである必要があると思いました。

于 2012-06-10T20:09:07.863 に答える