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発散するカラー パレットを使用して、R で単純なヒートマップを作成しようとしています。グラデーションを使用して、しきい値 N 未満のすべての数値を色 (紫など) に指定し、しきい値を超えるすべての数値を別の色 (オレンジ色など) に指定したいと考えています。数値がしきい値から離れているほど、色は暗くなります。

サンプル データセットを次に示します。

Division,COL1,COL2,COL3,COL4,COL5,COL6,COL7
Division 1,31.9221884012222,75.8181694429368,97.0480443444103,96.295954938978,70.5677134916186,63.0451830103993,93.0396212730557
Division 2,85.7012346852571,29.0621076244861,16.9130333233625,94.6443660184741,19.9103083927184,61.9562198873609,72.3791105207056
Division 3,47.1665125340223,99.4153356179595,8.51091076619923,79.1276383213699,41.915355855599,7.45079894550145,24.6946100145578
Division 4,66.0743870772421,24.6163331903517,78.694460215047,42.04714265652,50.2694897353649,73.0409651994705,87.3745442833751
Division 5,29.6664374880493,35.4036891367286,19.2967326845974,5.48460693098605,32.4517334811389,15.5926876701415,76.0523204226047
Division 6,95.4969164915383,8.63230894319713,61.7535551078618,24.5590241160244,25.5453423131257,56.397921172902,44.4693325087428
Division 7,87.5015622004867,28.7770316936076,56.5095080062747,34.6680747810751,28.1923673115671,65.0204187724739,13.795713102445
Division 8,70.1077231671661,72.4712177179754,38.4903231170028,36.1821102909744,97.0875509083271,17.184783378616,78.2292529474944
Division 9,47.3570406902581,90.2257485780865,65.6037972308695,77.0234781783074,25.6294377148151,84.900529962033,82.5080851092935
Division 10,58.0811711959541,0.493217632174492,58.5604055318981,53.5780876874924,9.12552657537162,20.313960686326,78.1371118500829
Division 11,34.6708688884974,76.711881859228,22.6064443588257,22.1724311355501,5.48891355283558,79.1159523651004,56.8405059166253
Division 12,33.6812808644027,44.1363711375743,70.6362190190703,3.78900407813489,16.6075889021158,9.12654218263924,39.9711143691093

上記のデータからヒートマップを生成する簡単なスニペットを次に示します。

data <- read.csv("dataset.csv", sep=",")
row.names(data) <- data$Division
data <- data[,2:7]
data_matrix <- data.matrix(data) 
heatmap(data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

上記のコードを変更して生成するにはどうすればよいですか。

  • 50 を超えるすべての数値の色のグラデーション (オレンジ) (数値が 50 から離れるほど、色が濃くなります)
  • 50 より下のすべての数値の色のグラデーション (紫) (数値が 50 から離れるほど、色が濃くなります)
  • グリッド セルに数値を書き込むと便利です (オプションですが)。
  • あると便利です (オプションですが)、グリッド セルに別の色を使用します。これは、しきい値の数 (この場合は 50) とまったく同じです。

[[編集]]

SO でこの質問を見たところですが、これは非常に似ているようです。答えはggplot（私は経験がない）を使用していますが、これまでのところ、ggplotソリューションをもう少し複雑なデータに適応させることができませんでした.

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これでほとんどの方法が得られるはずです。scale="none"(プロットされた色をセルの実際の (再スケーリングではなく) 値に対応させる場合は、設定する必要があることに注意してください)。

ncol <- 100

## Make a vector with n colors
cols <- RColorBrewer:::brewer.pal(11,"PuOr")  # OR c("purple","white","orange")  
rampcols <- colorRampPalette(colors = cols, space="Lab")(ncol)
rampcols[(n/2) + 1] <- rgb(t(col2rgb("green")), maxColorValue=256) 

## Make a vector with n+1 breaks
rampbreaks <- seq(0, 100, length.out = ncol+1)

## Try it out
heatmap(data_matrix, Rowv = NA, Colv = NA, scale="none",
        col = rampcols, breaks = rampbreaks)

ここに画像の説明を入力

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しきい値の配置をより細かく制御するには、2 つの個別のパレットを作成することをお勧めします。1 つはしきい値未満の値用で、もう 1 つはしきい値を超える値用です。Min、Max、Threshなどのさまざまな値を試して、次のようなことを試してください。

nHalf <- 50

Min <- 0
Max <- 100
Thresh <- 50

## Make vector of colors for values below threshold
rc1 <- colorRampPalette(colors = c("purple", "white"), space="Lab")(nHalf)    
## Make vector of colors for values above threshold
rc2 <- colorRampPalette(colors = c("white", "orange"), space="Lab")(nHalf)
rampcols <- c(rc1, rc2)
## In your example, this line sets the color for values between 49 and 51. 
rampcols[c(nHalf, nHalf+1)] <- rgb(t(col2rgb("green")), maxColorValue=256) 

rb1 <- seq(Min, Thresh, length.out=nHalf+1)
rb2 <- seq(Thresh, Max, length.out=nHalf+1)[-1]
rampbreaks <- c(rb1, rb2)

heatmap(data_matrix, Rowv = NA, Colv = NA, scale="none",
        col = rampcols, breaks = rampbreaks)
于 2012-06-11T19:18:42.617 に答える