script.jsを2回呼び出しているので、最初のJavaScriptをヘッダーから削除することをお勧めします。また、jquery関数をドキュメントレディ関数に配置する必要があります。
例えば
$(document).ready(function() {
$(this).css("display", "block");
//Fade in
$("body").fadeIn(2000, function () {
notify("My page is currently being changed. Expect brokenness.");
$("article").fadeIn(1000);
});
//Link fades
$("nav a").hover(function () {$(this).fadeTo(300,1)},function () {$(this).fadeTo(300,.3)});
//notifications
function notify(message) {
document.getElementById("notifyText").innerHTML = message;
$("#notification").fadeIn(500).fadeOut(4000);
}
//fade new content
function fadeLoad(newUrl) {
$("article").fadeOut(1000,function () {
$("article").load(newUrl, function () {
$("article").fadeIn(1000);
});
})
}
});