引用符を追加する必要があります。

コードは次のように出力されます。

DepartmentSelect(Deli)

むしろこれを行います：

<SCRIPT LANGUAGE='javascript'>
DepartmentSelect('<?=$row["rDepartment"];?>');
</SCRIPT>

試す：

<SCRIPT LANGUAGE='javascript'>
DepartmentSelect(<?php echo $row[rDepartment]; ?>);
</SCRIPT>

また：

<SCRIPT LANGUAGE='javascript'>
DepartmentSelect(<?php echo $row["rDepartment"]; ?>);
</SCRIPT>