pandocを使用して目次をRMarkdownHTMLファイルに追加し、すべてのHTMLフォーマットとヘッダー情報を保持するにはどうすればよいですか？
たとえば、というファイルがある場合は、次test.htmlのことを試しました。
pandoc -s -S --toc test.html -o test-toc.html
これにより目次が追加されますが、既存のヘッダー情報が削除されるため、すべてのフォーマットが魅力的になります。
したがって、このhtmlファイルは次のようになります。フォーマットを保持したいのですが。
すべてのスタイルとヘッダー情報を保持するようにPandocに指示する方法がわかりません。ただし、おそらくこのスタイルはあまり変更されないので、これをスタイルシートファイルにコピーして、出力HTMLを生成するときに（またはコマンドラインオプションを使用して）.cssこのファイルをポイントしてみませんか？コマンドラインオプションを使用して、このスタイルシート情報を最終出力に埋め込むようにPandocに指示できます（オプションの完全なリストについては、ここを参照してください）。-c--css--self-contained
入力HTMLファイルのMathJaxスクリプトには、次のものを使用できます。
--mathjax=https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/2.0-latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML
最後に、R構文ハイライトには使用できます
--include-in-header=r_syntax.html
ここには、タグr_syntax.htmlでラップされた適切なJavaScriptが含まれています。<script>
更新：そうは言っても、すべてのスタイルとスクリプト情報を1つのファイル（たとえばr_styling.html）に含め、これを出力HTMLのヘッダーの最後に含めることができます。
pandoc -s -S --toc -h r_styling.html --self-contained test.html -o test-toc.html
オプションはの-h省略形です--include-in-header。