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そのため、大きなファイル内の位置を指す座標系があります。

ファイルの最初の行の長さは可変で (ただし、常に ">" 文字で始まります)、そこから行は 50 文字の長さになり、その後に新しい行が続きます。これは数百万行続くことがあります。

たとえば、1,000,000-1,000,050 (1000000-1000050 で入力される) の間の文字を見つけて、これらを文字列に書き込めるようにしたいと考えています。ファイル内のその位置を探すにはどうすればよいですか? f.seek(1000000)を使ってみたのですが、1行目の長さの問題にぶち当たりました。f.seek 関数で最初の行の長さを 1000000 に追加しても、50 文字ごとに余分な文字 (改行) が追加されます。

数値が 1000000 ～ 1000050 ほどきれいになることはめったにありません。

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line_length=50
char_n=10000000 #zero-based index
count=50

with open('f.txt') as f:
    f.readline()
    start=f.tell()
    f.seek(start+int(char_n/line_length)*(line_length+1)+char_n%line_length)
    print(f.read(count))
于 2012-06-14T21:09:42.660 に答える
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これが私が最終的に使用したものです。私が使用した小さなトライアルではうまくいくようです。

#reads input from user for exon coordinates
coords = raw_input("Please enter the coordinates of the Exon you would like to use\n")

#Reads the first part of coords for the chromosome (and, therefore, filename)
chr_index = coords[:coords.index(":")] + ".fa"

#get starting coordinate
coordStart = coords[coords.index(":")+1:coords.index("-")]

#get ending coordinate
coordEnd = coords[coords.index("-")+1:]

#open the file
f = open(chr_index, "r")

f.seek()
lenFirstLine = len(f.readline())

#create string containing the exon sequence
#move to start of the exon
f.seek(lenFirstLine+coordStart+coordstart/50)

#read the number of characters = to the len of the exon into exon
exon = f.read(coordEnd-coordStart)
于 2012-06-14T21:35:34.750 に答える