Swing の限定的な組み込み HTML サポート ( http://www.java.net/node/680674を参照)を使用して Graphics2D オブジェクトに HTML を描画する方法は知っていますが、より適切なレンダリングが必要です。この特定の化学図描画アプリケーションにとって最も重要なことは、Swing の HTML サポートが、ネストされた下付き文字/上付き文字に拡張されていないことです。より良い CSS サポートもいいでしょう。画像の埋め込みや、Javascript やホットリンクなどのインタラクティブな機能は必要ありません。
HTML テキストは拡大縮小および回転されてから、おそらく追加のテキストとグラフィックを含むダイアグラムに描画されます。Graphics2D のターゲットは、画面、プリンター、または (iText を介して) PDF ファイルの場合があります。出版品質の PDF ファイルを生成する場合、BufferedImage などを介した変換を含むソリューションが適切にコンパクトになるとは思えません。
私の (おそらく間違った) 印象は、JavaFX 2.0 にはまだこれに対する解決策がないということです。アプリケーション全体を Swing から JavaFX に書き直すことは現実的ではありません。
このアプリケーションは無料でオープン ソースであるため、使用するツールも自由に配布できる必要があります。そうでなければ、JWebEngine がその条件を満たしていると思います。
どんな助けでも大歓迎です。