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私はバイオコンダクタの Gviz ライブラリを使用しています。染色体表意文字にプロットする必要がある CNV 位置を含むタブ区切りファイルを入力します。

入力ファイルは dat で定義され、4 つの列があります

  • [1] 染色体
  • [2]スタート
  • [3]終了
  • [4] 幅 (コピー番号の向きに応じて「+」または「-」になります)

だから私はそれをしました：

library(IRanges)
libraray(Gviz)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/1ips_chr1.txt", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[2]
e <- dat[3]
l <- dat[4]

ファイル dat を呼び出すと、エラー メッセージが表示されます。

atrack1 <- AnnotationTrack( start = s, width = l , chromosome = chr, genome = gen, name =  "Sample1")
Error : function (classes, fdef, mtable)  : unable to find an inherited method for function ".buildRange", for signature "NULL", "data.frame", "NULL", "data.frame"

明らかに、入力されたファイルを（datで）呼び出す方法はRを満足させません..誰か助けてください:)

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パッケージのリファレンス マニュアル(よくわかりません) によると、関数内の引数とは整数ベクトルである必要があります。単一の角括弧 を使用してサブセット化すると、結果のオブジェクトは になります(詳細については、を参照してください)。代わりに試すGvizstartwidthAnnotationTrackdat[data.frame?`[.data.frame`

s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

整数ベクトルを取得します。

于 2012-06-15T06:06:36.790 に答える