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BioconductorのGvizライブラリを使用しています。技術的に左から右にグラフ化された表意文字をプロットしようとしていますが、データの幅が負であるため、プロットは右から左に行う必要があります。IRangesで幅に負の値を入力するにはどうすればよいですか？

使用しているコードは次のとおりです。

library(Gviz)
library(IRanges)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/mydata.TXT", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

annot1 = IRanges(start = s, width = l)
Error.Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
solving row 1: negative widths are not allowed

# Those logical following commands work well if no negative integer is passed to IRanges
atrack <- AnnotationTrack (annot1, chromosome = chr, genome = gen, name = "foo") 
plotTracks (list(itrack, gtrack, atrack))

ありがとう ：））））

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エラーメッセージが示すように、IRangesは負の幅を持つことはできません-「開始」は常に左端です。おそらく、GRangesオブジェクトをstrand="-"？

于 2012-06-15T23:20:48.603 に答える