ここにタイプミス(selectedFeaturess)がありますが、これはそれと関係がある可能性があります。
 if (jQuery.inArray(selectedFeaturess[i], elem.features) !== -1 || jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) > -1) {
また、これは私が疑うのを助けるつもりはありません:
<option value="Wendy's">Harveys</option>
このようなコード:
if (jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) !== -1 || jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) > -1) {
次のように簡略化できます。
if (jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) !== -1) {
> -1の場合は!== -1であるため、2番目の句は冗長です。たとえば、= 0の場合、IF句の最初の部分が実行され、IFステートメントの2番目の部分を実行する必要はありません。
そして最後に、$(document).ready()関数を書き直しました。主な問題は、配列内の要素をどのようにループしていたかでした。それらをjqueryセレクターとして扱い、それらに対して.each()を実行する代わりに、単純なForループを実行する必要があります。ただし、jqueryセレクターを使用してそれらの長さを確認できます。これは私にとってはうまくいきます(オプションでWendy'sの名前をHarveysに変更しました)。
$(document).ready(function() {
    //$('#filter').on('click', function(e) {
    $('#filter').click(function(e) {
        // prevent refreshing of the page
        e.preventDefault();
        // close all infoWindows
        infowindow.close();
        // hide all markers
        $(markers.houses).each(function(index, elem) {
            markers.houseMarkers[index].setVisible(false);
        });
        $(markers.condos).each(function(index, elem) {
            markers.condoMarkers[index].setVisible(false);
        });
        // get the selected features from select box
        var selectedFeatures = $("#features").val();
        var selectedNearby = $("#nearby").val();
        // for each house element...
        $(markers.houses).each(function(index, elem) {
            //first filter by selected features
            if ($(selectedFeatures).length) {
                for (var i = 0; i < selectedFeatures.length; i++) {       
                    if (jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) !== -1) {    
                        if (!markers.houseMarkers[index].visible) {
                            markers.houseMarkers[index].setVisible(true);
                        }
                    }
                }
            }
            //then filter by nearby selections
            if ($(selectedNearby).length) {
                for (var i = 0; i < selectedNearby.length; i++) {
                    if (jQuery.inArray(selectedNearby[i], elem.nearby) !== -1) {
                        // if marker is not visible, but meets the filtering criteria - show it
                        // otherwise leave it as it is
                        if (!markers.houseMarkers[index].visible) {
                            markers.houseMarkers[index].setVisible(true);
                        }
                    }
                }
            }
        });
        // for each condo element...
        $(markers.condos).each(function(index, elem) {
            // first filter by selected features
            if ($(selectedFeatures).length) {
                 for (var i = 0; i < selectedFeatures.length; i++) {       
                    if (jQuery.inArray(selectedFeatures[i], elem.features) !== -1) {
                        // if marker is not visible, but meets the filtering criteria - show it
                        // otherwise leave it as it is
                        if (!markers.condoMarkers[index].visible) {
                            markers.condoMarkers[index].setVisible(true);
                        }
                    }
                }
            }
            //then filter by nearby selections
            if ($(selectedNearby).length) {
                for (var i = 0; i < selectedNearby.length; i++) {
                    if (jQuery.inArray(selectedNearby[i], elem.nearby) !== -1) {
                        // if marker is not visible, but meets the filtering criteria - show it
                        // otherwise leave it as it is
                        if (!markers.condoMarkers[index].visible) {
                            markers.condoMarkers[index].setVisible(true);
                        }
                    }
                }
            }
        });
    });
});