いいえ、カスタム カーソルは邪魔で迷惑です。慣習に従うのには十分な理由があります。それが慣習である理由です。
そうは言っても、あなたのウェブサイトが非常に革新的で素晴らしく、カスタムカーソルが楽しみの一部である場合は、必ず慣習を破ってください. 慣例は破られるべきものとして最もよく機能します。
「悪い習慣」には通常、悪い習慣である理由がいくつかあり、同じことをより速く、より理解しやすく、より効率的で、よりエレガントな方法で達成するための代替方法もあります。この例として、gotoに対する一般的な嫌悪感があります。
あなたの特定のケースでは、カスタムカーソルを持つことが悪い習慣であるかどうかはわかりませんが、それがあなたが望む/必要な動作である場合、あなたがそうすべきでない理由を考えることはできません。私もこれを達成するためのより良い方法を知りません。
そうは言っても、デフォルトで矢印を使用する、テキストにカーソルを合わせるときはテキストカーソル、リンクにカーソルを合わせるときはハンドカーソルなど、従う一般的な規則があります。これらの規則は通常、便宜上、混乱を避けるために守られています（私のカーソルは手なので、これはリンクである必要があります）。ただし、これが問題になるとは思わず、カーソルがユーザーエクスペリエンスに追加される場合は、ぜひ使用することをお勧めします。