この問題を MS 公式サポートに報告し、数日後、電話で問題を解決しました。
大きな間違いを犯しました。Feature Id 属性の新しい GUID を生成しましたが、ワークフロー ID の新しい GUID を生成するのを忘れていたため、同じ GUID を持つ 2 つの WF があったため、エラーが発生しました。変更したら、うまく動作するようになりました。
<Feature Id="Generate new GUID !!!!"
Title="Default Title"
Description="This feature is a workflow that ..."
Version="12.0.0.0"
Scope="Site"
xmlns="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/">
<ElementManifests>
<ElementManifest Location="workflow.xml" />
</ElementManifests>
<Properties>
<Property Key="GloballyAvailable" Value="true" />
</Properties>
</Feature>
<Elements xmlns="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/">
<Workflow
Name="My Workflow"
Description="This workflow ..."
Id="Generate new GUID !!!!"
CodeBesideClass="ProjectName.Workflow1"
CodeBesideAssembly="ProjectName, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=publicKeyToken"
TaskListContentTypeId="0x000"
AssociationUrl="_layouts/MyAssocForm.aspx"
InstantiationUrl="_layouts/MyInitForm.aspx"
ModificationUrl="_layouts/MyModForm.aspx"
StatusUrl="_layouts/WrkStat.aspx">
<Categories/>
<MetaData>
<Modification_GUID_Name>
Name of Modification
</Modification_GUID_Name>
</MetaData>
</Workflow>
</Elements>