アクセスを拒否したいフォルダがありますが、アクセス可能なサブディレクトリ (およびそのすべてのファイルとサブディレクトリ) が必要です。
ディレクトリ構造の例:
/modules/
/modules/gallery/public/manifest.xml
/modules/gallery/public/js/core.js
/modules/gallery/public/css/master.css
/modules/news/public/images/status.png
/modules/news/public/css/style.css
.htaccess ファイルは、そのサブディレクトリがユーザー提供 (CMS へのプラグイン) であるため、「モジュール」にある必要があります。ユーザー提供の各フォルダーには「パブリック」ディレクトリがあり、「パブリック」内のファイルとフォルダーのみにアクセスできる必要があります。