他の多くのプロセスを生成している非常に長時間実行されているスクリプトをどのようにプロファイリングできますか？
実行に長い時間がかかるジョブ（11時間以上、場合によっては17時間以上）があるため、AmazonEC2インスタンスで実行されます。
（カフスボタンのDNAアラインメントなどを行っています。）
この仕事は、多くのプロセス、スクリプト、ユーティリティなどを実行しています。
どうすればそれをプロファイリングし、ジョブのどのコンポーネント部分に最も時間がかかるかを判断できますか？
1秒あたりのプロセスあたりの単純なCPU使用率でおそらく十分でしょう。どうすれば入手できますか？
あなたの質問には多くの解決策があります：
muninは、システム内のほぼすべてをスキャンし、それに関する優れたグラフを作成できる優れた監視ツールです:)。インストールと使用は非常に簡単です。
atopは簡単な解決策になる可能性があります。CPU、メモリ、ディスクを定期的にスキャンでき、それらすべての情報をファイルに保存できます (-Wオプション)。その後、それらのファイルを分析してボトルネックを検出する必要があります。
sar、システム上のすべてのものよりも多くをスキャンできますが、解釈が少し難しくなります (たとえば、 RRDtoolを使用して自分でグラフを作成する必要があります)。