パッケージlmList
からを使用して、共通モデルを持つグループの信頼区間を計算しようとしています。lme4
通常の線形モデルでは正常に機能しますが、従属変数が二分されている場合は失敗します。たとえば、これは正常に機能します。
d <- data.frame(
g = sample(c("A","B","C","D","E"), 250, replace=TRUE),
y1 = runif(250, max=100),
y2 = sample(c(0,1), 250, replace=TRUE)
)
library(lme4)
fm1 <- lmList(y1 ~ 1 | g, data=d)
を使用して係数を抽出し、を使用coef(fm1)
して係数の信頼区間を抽出できconfint(fm1)
ます。次に、二分された結果のモデルを実行します。
fm2 <- lmList(y2 ~ 1 | g, data=d, family=binomial)
を使用して係数を取得することはできますcoef(fm2)
が、信頼区間を取得しようとすると、エラーが発生します。
> confint(fm2)
Waiting for profiling to be done...
Waiting for profiling to be done...
Error in val[, , i] <- eval(mCall) : incorrect number of subscripts
GLMの信頼区間がわからないのではないかと思ったので、もともとstats.stackexchangeに投稿するつもりでしたが、それでも信頼区間を取得できることがわかりました。
by(d, d$g, function(x) confint(glm(y2 ~ 1, data=x, family=binomial)))
を使用してこれを行う方法はありlmList
ますか?
> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252 LC_CTYPE=German_Germany.1252
[3] LC_MONETARY=German_Germany.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=German_Germany.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] lme4_0.999375-42 Matrix_1.0-6 lattice_0.20-6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.0 MASS_7.3-17 nlme_3.1-103 stats4_2.15.0 tools_2.15.0