私は、他の多くの人が何らかの時点で抱えていたのと同じ rJava の問題を経験しています。このエラーは、R CMD INSTALLJNI プログラムをコンパイルできるかどうかをテストするときに発生します。
出力は実行を推奨するR CMD javareconf -edかsudo R CMD javareconf、後者の出力は次のとおりです。
computer: home$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.6.0_31
Java home path : /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path:
JNI linker flags : -framework JavaVM
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.
あとでrJavaをインストールしようとすると、
computer: home$ R CMD INSTALL ~/Downloads/rJava_0.9-4.tar.gz
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘rJava’ ...
checking for gcc... gcc -arch x86_64 -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
/* Passes all checks */
configure: checking whether gcc -arch x86_64 -std=gnu99 supports static inline...yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include'
java libs : '-framework JavaVM'
checking whether JNI programs can be compiled... configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.
Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
/usr/bin/javacに置き換えられた別の試みは、/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/CurrentJDK/Homeまったく同じように失敗します。
Mac OS 10.7.3 を実行しており、
computer: home$ java -version
java version "1.6.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_31-b04-415-11M3646)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.6-b01-415, mixed mode)
以下は私の中にあります.bash_profile
export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
さらに、Red-Hat でも同じ問題があります。提供された修正がそこでも機能することを願っていますが、機能しない場合、および機能しない理由がわかっている場合は、説明してください。
私はこのサイトの信じられないほどのナレッジ ベースを数年間使用してきましたが、これは私の最初の投稿です。ムーチョ よろしくお願いします。
私がすでに閲覧したリソースの一部 (すべてではない) は次のとおりです。
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html
- R: rJava パッケージのインストールに失敗しました
および/またはの同等の解決策がない限り、最後のリンクの解決策は私には役に立たないことに注意してapt-getください(私は思う) 。portyum