誰かが私を助けてくれることを願っています..ここの指示に従って、メタボロミクス用のmzmatch.Rパッケージをインストールしようとしています: http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php
私はRにまったく慣れていないので、この種のことをするのはこれが初めてです。まず、R の最新バージョンをダウンロードし、Mac OSX 10.7 にインストールしました。これは私が実行している R のバージョンです: R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard ビルド 64 ビット (6148)
次に、R64.app を起動し、次のコマンドを入力して (上記のリンクの指示に従って)、パッケージとそのすべての依存関係をインストールしました。
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest"))
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw"))
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")
最後のステップは常に失敗し、次のメッセージが表示されます。
trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 102 Kb
* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
call: value[[3L]](cond)
error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error : package ‘mzR’ could not be loaded
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’
Warning message:
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") :
installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status
これは、ライブラリ「mzR」を読み込めないためだと思ったので、次のことを試しました。
> biocLite("mzR")
> library("mzR")
案の定、同じエラーが表示されました：
Loading required package: Rcpp
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
call: value[[3L]](cond)
error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’
私は今かなり迷っており、何をすべきかまったくわかりません。読んでくれてありがとう ！