1

Biopythonをインストールしましたが、コンピューターにモジュールを認識させることができません。たとえば、コモドで次のようなテキストファイルを作成します。

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

ターミナルで実行して受信します：

Traceback (most recent call last):
  File "bio.py", line 1, in <module>
    from Bio.Alphabet import IUPAC
ImportError: No module named Bio.Alphabet

ちなみに、インタラクティブモードでモジュールをインポートすることもできません。ドキュメントには、PYTHONPATH（PATHと同様）と呼ばれる環境変数にエクスポートすることでモジュール検索パスを追加できると記載されていますが、ターミナルに「env」と入力すると、そのような環境変数は表示されません。私は生物学者であり、コンピューター科学者やプログラマーではありません。これがナンセンスに聞こえる場合は、私のナイーブに耐えてください。

4

2 に答える 2

0

必要なモジュール（Bio）が配置されているディレクトリを見つけて、ディレクトリへのパスをに追加する必要がありますPYTHONPATH。

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

代わりに、/usr/local/bio-python/見つけたパスを指定する必要があります。

モジュールを見つけるには、次のようなものを使用する必要があります。

$ find / -name \*Bio\*

それはほんの一例です。もちろん、いくつかの追加情報（たとえば、モジュールをインストールした場所など）を提供できればより良いでしょう。

于 2012-06-25T16:06:26.787 に答える
-2

スタートボタンを押し、コンピューターを右クリックして、プロパティを選択し、詳細に移動して、環境変数をクリックします。次に、パス変数を見つけ、セミコロンを追加してからパスを追加して編集します。たとえば、現時点でのパス変数が「C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin」の場合、「C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin;（」に変更できます。ここにパスを入れてください）」

于 2012-06-25T16:06:38.987 に答える