アプリケーションのバージョン番号を指定する方法/場所に関する規則はありますか?
たとえば、ruby gemslib/mygem/version.rbは、その目的で一般的に使用されるファイルです。
私の推測ではconfig/version.rb、次のようなファイルを作成しています。
module MySite
  VERSION = "0.0.4"
  # or in MySite::Application class
  # 
  # class Application
  #   VERSION = "0.0.4"
  # end
end