私が知っているように、cnameはこれを行うことができません。したがって、sub1.site1.com の .htaccess ファイルに次のルールがあります。
RewriteEngine On
Options +FollowSymlinks
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} sub2.site2.com
RewriteCond %{REQUEST_URI} !subdir/
RewriteRule ^(.*)$ subdir/$1 [L]
動いていない...