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csv ファイルからデータを読み取って、マトリックスのヒートマップをプロットしようとしています。コードは次のようになります。

lda <- read.csv('topic_word_matrix.data',sep=",")
row.names(lda) <- lda$topics
lda <- lda[,2:ncol(lda)]
lda_matrix <- data.matrix(lda)
lda_heatmap <- heatmap(lda_matrix, Rowv=NA, Colv=NA,col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

私の入力ファイルは次のようになります。

topics,jockin,limited,raining,magnetic,reallamarodom
topic9,0.0,0.0,0.00671140939597,0.0022271714922,0.00234192037471
topic2,0.1,0.0,0.02671140939597,0.0022271714922,0.00234192037471

色のないプロットと次の警告メッセージが表示されます。

Warning messages:
1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

何がうまくいかないのか、誰にも手がかりがありますか?

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エラーは、引数 'scale = "columns"' から発生します。

列の標準偏差が 0 であるため、スケーリング (平均 / sd) は失敗します。したがって、scale = "row" または scale = "none" を使用するか、列をスケーリングする理由を考えてください。

HTH

于 2012-06-27T20:33:18.400 に答える