マトリックスを渡して処理済みのマトリックスを返す関数を1つ作成しましたが、処理済みのマトリックスのデータが、渡したマトリックスにコピーされています。
output=processMatrix(srcCopy);
次に、これらのマトリックスの両方を表示すると、srcCopy で同じ画像を取得し、出力も行います。メモリを次のように割り当てています。
output=Mat(image.rows,image.cols,CV_8UC1 );
srcCopy=Mat(image.rows,image.cols,CV_8UC1 );