これは明らかな何かが欠けているようですが、リダイレクト（>）を.bat/.cmdファイルで機能させることができません。
コマンドラインから、これは期待どおりに機能し、出力ストリームとエラーストリームをログファイルに送信します。
doxygen doxygen.config 2>&1 > doxygen.log
ただし、バッチファイル内にまったく同じ行を入れて実行しても機能しません。コマンドを実行してからループするのではなく、コマンド全体をログファイルに書き込もうとしているようです。
bat / cmdファイル内で機能するように出力リダイレクトを取得するにはどうすればよいですか？違いが出る場合は、Win7を使用しており、cmdとpowershellから試してみました。